Type: Militaire
Implantation: partout
Secrète ?: Non
Contrairement aux Clones de bases les Commandants Clones ont été conçus avec plus d'autonomie afin de pouvoir diriger les troupes.Alors qu'ils ne se distinguaient des autres que par des bandes de couleurs sur leur armure, leur équipement évolua au fur et à mersure de la Guerre des Clones. A la fin du conflit leur armure est pratiquement similaire à celles des ARC-Troopers. Les bandes de couleurs sur l'armure ne représentent plus le grade mais le bataillon.
Durant la guerre chaque Jedi se voit attribuer un Commandant Clone et son bataillon de soldats. Les relations Jedi/Commandants vont vite évoluer, si bien que chaque Jedi décide de donner un nom aux commandants à la place de leur matricule afin de les humaniser. Hélas ces relations vont radicalement changer lorsque le Chancelier Palpatine ordonne à chaque Commandant Clone d'assassiner leurs généraux Jedi. Les commandants s'éxécutent sans se poser de questions et éliminent des dizaines de Jedi à travers la galaxie...